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红衣主教劳伦斯（拉尔夫·费因斯 Ralph Fiennes 饰）要负责世界上最秘密、最古老的活动：选择新的教皇。而他发现自己处在一起阴谋的正中心，可能撼动教会最深的根基。。淘气小女孩雨果与父亲赌气后离开家，再次回到神秘世界寻找老朋友“啦啦”和“熊大叔”。在雨果和熊大叔、啦啦为重逢而喜悦之时，一个巨大的危机也悄然袭来，所有喝过水的生命都变小了。 　　原来是地下宫殿的鼠族首领番薯，偶然发现了远古的预言，它在危机爆发前吩咐鼠民囤聚了活水，它企图借助这个危机将其它生命变为鼠族的奴役。 　　在番薯的儿子米粒的帮助下，雨果、啦啦、熊大叔得知找到水的源头可以解除危机，三个好朋友踏上了拯救家园的艰难旅途，一路之上，他们与鼠族军队斗智斗勇，并与米粒和大脸怪成为了朋友。危机时刻，米粒让番薯觉醒，他最终放下内心的仇恨，决定与神秘世界的族民共同守护美丽的家园……。