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在第一季结尾中，Jaha自愿留在太空中，换来方舟部分人成功降落到地球上的好消息。但百子们却在成功引爆驻地打败地表人后，被抓到气象山的隔离区中……Bellamy和Finn也在与地表人的打斗中生死未卜。 而这一季的故事就从气象山、原方舟人和其他地球人种展开来。。高中生旗野与同班同学菊池曾同时向“路人”告白，虽勉强化解尴尬，但他又回到了“路人·其他大多数”的日常。中学生男生互赠“第二颗钮扣”的场景，让“路人”意识到毕业季到来。然而，身为“绝对不想BL的男人”，此刻他正为另一件事所苦——花粉症。因为湿润的眼睛与泛红的脸颊，竟可能成为开启BL的危险旗帜！他能否成功回避？ 故事中，“VS伪装”“VS睡着”“VS学习会”“VS职场体验”“VS配对”“VS圣诞节”等等，接连不断的LOVE FLAG向主人公“路人”袭来──！。