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被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战” 一年之后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号，召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首，她青梅竹马的朋友，身兼厨师和机师的天河名人，其他船员虽然各有所长，但人格和来历都有一点问题。 在战斗变得白热化之际，一个重大的真相被揭发了，敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术，玻色子跳跃的火星遗迹。 跟木连的和谈以失败告终，为了争夺火星的遗迹，NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了，到此为止，是地球跟木连战斗的历史，后来，地球和木连结盟，宇宙总算恢复和平，以上是TV版的剧情。。为了探明日本列岛一系列的异常地壳运动情况，地球物理学者田所雄介博士（小林桂树 饰）与助手幸长信彦（泷田裕介 饰）乘坐小野寺俊夫（藤冈弘 饰）驾驶的潜艇出海考察。在小笠原群岛附近的海沟处，海底莫名其妙的乱泥流令博士忧心忡忡。经过对各方材料缜密慎重的调查，田所博士作出一个震惊全国乃至世界的预测“由于地球变动，日本即将在两年之内完全沉入海底”。他的预测起初并未得到政府的完全信任，然而在此之后各地强烈地震相继爆发，休灭火山也重新喷发，事态正以出乎意料的速度恶化。在这个与世隔绝的岛国，人民陷入前所未有的疯狂之中…… 本片根据小松左京的同名原作改编。。