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在新生ALO中，桐人、亚丝娜和结衣谈到了鲸鱼，从没有见过鲸鱼的结衣对鲸鱼非常感兴趣，为了帮助结衣桐人想到了新生ALO中海边的任务。不料直叶却不会游泳，为了能正常进行海边的任务大家决定对直叶进行游泳特训。与此同时，桐人被菊冈诚二郎以“心理咨询”的名义骗至心理咨询室，并从桐人处详细调查了“SAO”和“ALO”等事件。桐人离开菊冈诚二郎处后登入新生ALO与大家一起进行了“深海掠夺者”的任务，最终返回时结衣如愿以偿地见到了鲸鱼。后桐人再次接到了菊冈诚二郎的电话。（打算委托桐人调查“GGO”，此时剧情进入“幽灵子弹篇”）。少女蔺如兰不顾挚友孟宛的反对，赌上自己的名节状告绣楼主人吴廉，然而多方投告无门，孤立无援，最终自尽以证清白。孟宛卧薪尝胆七年，攒聚与如兰案有千丝万缕联系的刘薪等“九义人”集结成复仇战队，谋定翻案，而当年少女被埋没于时光里的挣扎和奋战，也在这个过程中渐渐浮现出来。。